El Puente del Ferrocarril sobre el Canal de Manzanares se situaba unos cuantos metros antes de la Tercera Esclusa, donde se levanta hoy el nudo Súper Sur de la M-40. El Puente estaba a 5 km de la Cabecera y puede no ser considerado propiamente como parte de las infraestructuras del Canal. No es parte de su sistema hidráulico, ni formaba parte del proyecto inicial, pero es no obstante un elemento relacionado con las vías que atraviesan el Canal: debemos verlo como un puente más.

Fue construido algo después a la interrupción definitiva de las obras del Canal, y realizado únicamente  para salvarlo por encima, y más aún su construcción fue motivada por el peor enemigo del Canal: el ferrocarril. Esta nueva tecnología, más eficiente, barata y veloz que los transportes por agua, estaba llamada a ser el futuro, en lugar del Canal que en comparación ya estaba obsoleto.

El puente fue levantado en 1847, para la nueva línea a Aranjuez, abierta finalmente 5 años más tarde. La obra consistía en una viga-celosía de madera sobre dos muros de carga perpendiculares al tablero (paralelos al Canal) y dos estribos macizos en los extremos, todos ellos realizados en fábrica mixta de ladrillo y sillería caliza.

Este elemento es posteriormente olvidado, aun a pesar de que la línea férrea sigue funcionando. Pudo ser destruido tras la clausura del Canal, o simplemente se dejó enterrado en su sitio. En cualquier caso podrían encontrarse restos si en el futuro se hiciera una prospección arqueológica. Como continuación a este puente existió otro semejante sobre el propio río Manzanares, del cual aún podemos apreciar los estribos originales.