Por problemas de salubridad, al quedar el agua estancada largo tiempo, y al no haberse mantenido el dragado del cauce, la navegación se había interrumpido. Durante unos años se barajó la posibilidad de continuar el proyecto, hasta que decidieron finalmente clausurarlo en 1860. El Real Canal había existido 90 años, como los que cumplió el Metro de Madrid hace pocos años.

El tamo de cauce 'urbano' cercano a la ciudad se desecó y rellenó para siempre. En ese sentido, hemos encontrado que en Marzo de 1868 aparecía anunciada la subasta pública de los restos de la cabecera:

"A las doce de la mañana del dia 12 de marzo próximo, se rematarán en pública subasta en esta administración, sita calle de Procuradores, casa llamada del Platero, los materiales de construcción que á continuación se espresan, procedentes del derribo del desecado canal de Manzanares, existentes en la cabecera del mismo, inmediato al puente de Toledo, á saber:

- Unos 50 sillares labrados y apiladrados, de cantería berroqueña,

- Otras 100 piedras de la misma clase, de varias formas y tamaños.

- Unas 80 losas también de varios tamaños

- Como 40 cargos de sillería tosca.

- Ochenta y cuatro metros cúbicos de mampostería de pedernal y piedra loca, y un poco de ripio mezclado de cailzo." [sic]